Pendidikan Muhammadiyah yang didirikan K.H Ahmad Dahlan pada tahun 1911 dalam bentuk lembaga pendidikan modern merupakan “sintesa” atas realitas adanya sistem pendidikan yang dikotomis. Pada saat itu terdapat pendidikan Islam dengan sistem pondok pesantren tradisional yang hanya mengajarkan pengetahuan agama saja, dan di sisi lain diselenggarakan sistem pendidikan modern ala kolonial yang sekuler.
Melihat sistem pendidikan yang dikotomis itu, K.H. Ahmad Dahlan secara kreatif berijtihad membangun suatu sistem pendidikan Islam modern yang integratif-holistik, berupa sekolah umum yang mengintegrasikan ilmu-ilmu agama Islam, dan madrasah yang mengintegrasikan ilmu-ilmu umum.Sistem pendidikan ini memiliki ciri utama, yaitu diajarkan ilmu agama Islam dan bahasa Arab, dan dalam perkembangannya diajarkan pula mata pelajaran kemuhammadiyahan. Ketiga mata pelajaran ini, yaitu Al-Islam, Kemuhammadiyahan dan bahasa Arab lazim disebut Ismuba bagi sekolah dan madrasah Muhammadiyah merupakan ciri khusus dan keunggulan. Sejak Awal berdirinya, Sekolah dan Madrasah Muhammadiyah dirancang dengan sistem pendidikan Islam modern yang integratif- holistik, sehingga menghasilkan lulusan yang menguasai ilmu pengetahuan umum sesuai jenjangnya, dan agama Islam, Kemuhmammadiyahan serta bahasa Arab. Masyarakat menilai dan menaruh harapan besar kepada pendidikan Muhammadiyah justru karena adanya ciri khusus dan keunggulan tersebut.